Fundatie Collectie
De Fundatie Collectie van ruim 11.000 objecten is opgebouwd uit een aantal - overwegend particuliere - verzamelingen. De basis voor de Fundatie collectie werd gelegd door de kunstkenner Dirk Hannema (1895-1984), oprichter van de Stichting Hannema-de Stuers Fundatie, waaruit Museum de Fundatie is voortgekomen.
Zijn collectie versmolt in de loop van de tijd met andere verzamelingen, zoals die van het echtpaar De Graaff-Bachiene, kunstenaar Paul Citroen, acteur Henk van Ulsen en longarts Willem Hogervorst. De internationale collectie van Museum de Fundatie omvat oude kunst, moderne en hedendaagse kunst en kunstnijverheid (glas, keramiek en meubels, met name uit de 17e, 19e en eerste helft van de 20e eeuw).
Collectie Provincie Overijssel
Museum de Fundatie beheert sinds 1993 de collectie moderne en hedendaagse kunst van de provincie Overijssel. Belangrijk onderdeel daarvan is de ‘collectie Citroen’, bijeengebracht door kunstenaar en verzamelaar Paul Citroen (1896-1983). De provincie kocht tussen 1975 en 1987 belangrijke delen van Citroens collectie aan.
In de collectie van Paul Citroen, die de periode 1900-1965 omvat, bevinden zich werken van onder anderen Jacoba van Heemskerck, Charley Toorop, Herman Kruyder, Jan Sluyters, Carel Willink, Piet Ouborg, vroege werken van Appel, Jorn en Corneille, en uiteraard werk van Citroen zelf.
Het structurele aankoopbeleid van de provincie was er in de jaren tachtig op gericht om de leemten in de collectie Citroen aan te vullen en aandacht te besteden aan de ontwikkelingen in de (Nederlandse) beeldende kunst na 1965. In deze periode werden werken aangekocht van onder meer Armando, Guido Lippens, Thomas Rajlich, Hans Ebeling Koning, Jaap van den Ende, Nick Banks, Joep van Lieshout en Henk Visch. Vanaf 1993 vonden de aankopen plaats onder verantwoordelijkheid van de Hannema - de Stuers Fundatie.